Das Lehen hatten ab 1330 die Ritter Jakob und Johannes von Hofstetten. Zusätzlich wurden Lehnsherren des Bischofs eingesetzt: die Herren von Bärenfels, von Angenstein und von Thierstein sowie vorübergehend Heinrich von Ostheim, ein Diener von Graf Heinrich von Thierstein.
Bischof Christoph Blarer von Wartensee löste die Burgrechtsverträge und leitete 1582 die Gegenreformation ein.

Während des dreissigjährigen Kriegs 1637/38 befand sich das Hauptquartier des Oberbefehlshabers der schwedisch-französischen Armee im Schloss Angenstein. Auch die Franzosen brachten von 1793 bis 1815 der Gemeinde durch Plünderungen viel Not und Leid. 1815 wurde die Gemeinde durch Entscheid des Wiener Kongresses dem Kanton Bern zugeordnet.

1842 genehmigten die Kirchendirektionen von Bern und Baselland die Loslösung der Gemeinden Grellingen und Duggingen von der Pfarrei Pfeffingen. Am 3. Mai 1845 bewilligte der bernische Grosse Rat den Duggingern den Status einer Vikariatspfarrei von Laufen mit einem eigenen Vikar. Bereits 1835 wurde die heutige Pfarrkirche (Patron: Johannes der Täufer) anstelle der alten, 1735 erbauten St.-Jost-Kapelle, errichtet.

In Duggingen wurde stets Landwirtschaft und Rebbau betrieben. Das Dorf wies wegen der Wasserkraft der Birs jedoch bereits früh wichtige Industrieansiedlungen auf: Florettspinnerei Angenstein (1863-1932) und Wanduhrenfabrik (1899-1927).

1994 erfolgte im Rahmen des Laufentaler Vertrags der Wechsel vom Kanton Bern zum Kanton Basel-Landschaft .Ab 1960 erlebte Duggingen eine rasche Entwicklung zur Wohngemeinde mit hohem Pendleranteil Richtung Basel.Die Bevölkerung hat in den letzten Jahren, bedingt durch reichliches Baulandangebot, stark zugenommen. Die Gemeinde ist mit ihrer Infrastruktur für eine Bevölkerungszahl von bis zu 1'900 Personen ausgelegt.
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